Государственное управление деятельностью по обеспечению единства измерений в республике осуществляет Министерство экономики Кыргызской Республики (МЭ КР) в соответствии с законом Кыргызской Республики от 9 июля 2014 г. №118 "Об обеспечении единства измерений".

Организационная структура национальной метрологической системы состоит из Министерства экономики Кыргызской Республики, Центра по стандартизации и метрологии при Министерстве экономики Кыргызской Республики и Управления метрологического надзора Государственной инспекции по экологической и технической безопасности при Правительстве Кыргызской Республики.