Организацией работ по основным областям и направлениям сотрудничества занимаются структурные органы КООМЕТ (Объединенный комитет, Технические комитеты (ТК), Советы, Форум качества).

Совет Президента КООМЕТ может инициировать создание в рамках КООМЕТ Целевых групп (ЦГ), а также определять их срок деятельности.

В своих странах члены Комитета назначают представителей в структурные органы КООМЕТ (Технические комитеты, Форум качества), которые являются официальными членами структурных органов. Члены структурных органов предлагают кандидатуру Председателя структурного органа, которого затем назначает Комитет КООМЕТ.

Структурные органы могут образовывать Подкомитеты (ПК) для решения постоянных задач сотрудничества и Рабочие группы (РГ) в составе соответствующих ПК/ТК для выполнения конкретных текущих работ в рамках тем КООМЕТ.